财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)“六、一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题”规定：一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
在企业注销前，存在留底税额的，可能存在两种情况：1、注销前还存在存货、固定资产等非货币性资产；2、注销前已经不存在非货币性资产。
在企业注销前，如果还存在非货币性资产的，需要销售变现或者分配给股东（投资者）等，无论是销售还是分配等视同销售，都会产生增值税销项税额，留抵税额应先从销项税额抵扣。
如果抵扣后还有留抵税额，或注销前已经不存在非货币性资产但有留抵税额的，企业在按照《财政部国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）清算的所得税处理时，可以依法减除。
企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。
《企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第三十一条规定，企业所得税法第八条所称税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
企业注销前还有的留抵税额就是上述“允许抵扣的增值税以外的各项税金”，可以作为“相关税费”，在计算清算所得时减除。
，企业增值税留抵税额不能抵扣的，可作为企业财产损失，在所得税前扣除。
综上，你公司注销，剩余的增值税留抵税额不予退税，但可作为财产损失在企业所得税税前扣除。
